miejsce w klasyfikacji generalnej biegowego sezonu 2002/2003. Podczas mistrzostw świata w Val di Fiemme w 2003 roku Finowie w składzie: Hannu Manninen, Jouni Kaitainen, Jaakko Tallus i Samppa Lajunen zdobyli brązowy medal w zawodach drużynowych. Trzecie miejsce zajmowali już po skokach, tracąc około minuty do wyprzedzających ich Austriaków i Niemców. Straty do liderów nie odrobili, jednak obronili trzecią pozycję przed Norwegami. W startach indywidualnych zawodnik z Rovaniemi zaprezentował się słabo, w Gundersenie był jedenasty, a w sprincie zajął dopiero 27. miejsce.
Brak mistrzostw świata lub igrzysk w sezonie 2003/2004 pozwolił zawodnikom skupić się na rywalizacji pucharowej. Z walki tej zwycięsko wyszedł Manninen, który wygrał 7 z 19 zawodów, łącznie czternastokrotnie plasując się na podium. Wygrał kolejno start masowy 13 grudnia 2003 roku w Val di Fiemme, sprint i Gundersena w Seefeld w dniach 10 i 11 stycznia, start masowy i sprint w Sapporo w dniach 25 i 27 stycznia oraz sprinty w Oberstdorfie 15 lutego i 28 lutego 2004 roku w Oslo. Dzięki temu po raz pierwszy w karierze zdobył Kryształową Kulę w klasyfikacji generalnej, ponadto zdobywając także Małą Kryształową Kulę za zwycięstwo w klasyfikacji sprintu. Podwójne pucharowe trofeum Hannu zdobył także w sezonach 2004/2005 i 2005/2006, w których zdominował rywalizację.