Zwyciężył także w klasyfikacji generalnej sezonu 2006/2007. Było to już jego czwarte zwycięstwo z rzędu, co do dzisiaj pozostaje rekordem. W klasyfikacji sprintu zajął tym razem siódme miejsce. Na podium stanął siedmiokrotnie, odnosząc dwa zwycięstwa: 30 grudnia 2006 roku w Ruhpolding triumfował w Gundersenie, a 3 lutego 2007 roku wygrał start masowy w Zakopanem. Na Mistrzostwach Świata w Sapporo w 2007 roku zdobył swój jedyny indywidualny medal na imprezie tego cyklu. Po konkursie skoków do sprintu zajmował dobre jak na niego dziewiąte miejsce i do biegu przystąpił ze stratą 49 sekund do prowadzącego Niemca Björna Kircheisena. Na trasie biegu Fin wyprzedził wszystkich rywali, wygrywając walkę o złoto na ostatnich metrach z Magnusem Moanem z Norwegii o 0.3 sekundy. Kircheisen na mecie był trzeci, tracąc do Manninena 29.5 sekundy. Złoty medal zdobył także w zawodach drużynowych razem z Koivurantą, Tallusem i Janne Ryynänenem. Finowie wygrali konkurs skoków i prowadzenia już nie oddali. W Gundersenie Hannu zajął w skokach 24. pozycję ze stratą blisko 3 i pół minuty do lidera. Okazało się to zbyt dużą różnicą, by stanąć na podium, jednakże Fin awansował w biegu na szóstą pozycję. Dobra passa skończyła się w sezonie 2007/2008. Tylko dwa razy stanął na podium, za każdym na drugim stopniu, kilkakrotnie nie kończył zawodów.