W klasyfikacji generalnej zajął 14. miejsce, co było jego najsłabszym wynikiem od sezonu 1994/1995. W maju 2008 roku ogłosił zakończenie karieryInteria.pl: Genialny Fin kończy karierę .
Jednak we wrześniu 2009 roku Manninen postanowił wrócić do uprawiania sportuSportoweFakty.pl: Hannu Manninen powraca do kombinacji norweskiej! . Do rywalizacji w Pucharze Świata wrócił w sezonie 2009/2010 i już w swoim pierwszym starcie 28 listopada 2009 roku w Ruce zajął drugie miejsce w Gundersenie. Następnego dnia odniósł pierwsze po powrocie zwycięstwo, wygrał też 2 stycznia w Oberhofie oraz 6 marca 2010 roku w Lahti. Dzień wcześniej był drugi w Gundersenie. W klasyfikacji generalnej uplasował się na ósmej pozycji. Najważniejszym punktem tego sezonu były jednak igrzyska olimpijskie w Vancouver. Fin nie zdobył tam medalu, najbliżej podium był w zawodach metodą Gundersena na dużej skoczni, gdzie zajął czwarte miejsce. W walce o brązowy medal lepszy okazał się Bernhard Gruber z Austrii. Na normalnej skoczni zajął trzynaste miejsce. W konkursie drużynowym Finowie prowadzili po skokach i na trasę biegu ruszyli z przewagą 2 sekund nad Amerykanami i 36 sekund nad Austriakami.