Historia i funkcjonowanie Instytutu Rodowód Instytutu Zachodniego jest silnie zakorzeniony w myśli zachodniej przywracającej pamięć o historycznych związkach kresów zachodnich z Polską. W okresie dwudziestolecia międzywojennego myśl zachodnia rozwijała się zwłaszcza na Uniwersytecie Poznańskim, stanowiącym ważny ośrodek badań niemcoznawczych, prowadzono prace badawcze dotyczące stosunków polsko-niemieckich oraz dokumentowano polską przeszłość wschodnich prowincji Niemiec. Poznańskie środowisko naukowe skupiało wówczas tak wybitnych uczonych, jak: Jan Czekanowski, Kazimierz Tymieniecki, Teodor Tyc, Józef Kostrzewski, Mikołaj Rudnicki, oraz Zygmunt Wojciechowski.
Koncepcja utworzenia specjalistycznej placówki badawczej, zajmującej się problematyką niemiecką i dziejami trudnego sąsiedztwa polsko-niemieckiego, pojawiła się podczas II wojny światowej, w drugiej połowie 1943, w środowisku podziemnej organizacji „Ojczyzna”, powiązanej ze strukturami Polskiego Państwa Podziemnego. „Ojczyzna” kierowała pracami m.in. Sekcji Zachodniej Departamentu Informacji i Prasy Delegatury Rządu na Kraj.