Już wówczas działacze „Ojczyzny”, wśród których byli Zygmunt Wojciechowski, Edmund Męclewski, Jan Jacek Nikisch, Edward Serwański, Andrzej Grodek i Jan Zdzitowiecki, jako jeden z głównych elementów powojennego porządku w Europie uznali ustanowienie zachodniej granicy Polski nad Odrą i Nysą Łużycką. Wtedy też padła po raz pierwszy nazwa placówki – Instytut Zachodni, a także tytuł czasopisma – „Przegląd Zachodni”. Pierwszy dokument, w którym zarysowano profil badawczy i strukturę organizacyjną Instytutu Zachodniego, przygotowano w grudniu 1944 w formie notatki dla Delegatury Rządu na Kraj. Ten właśnie moment uważa się za datę powstania Instytutu Zachodniego.
Pomysł utworzenia Instytutu Zachodniego zrodził się w Milanówku pod Warszawą, gdzie wówczas przebywał prof. Z. Wojciechowski i gdzie konspiracyjnie spotykali się inni inicjatorzy pomysłu z organizacji „Ojczyzna”: A. Grodek, E. Męclewski i J. Zdzitowiecki. Wybór Poznania jako siedziby Instytutu Zachodniego od początku nie budził żadnych wątpliwości. Miało to być m.in. nawiązanie do tradycji myśli zachodniej i badań niemcoznawczych, prowadzonych na Uniwersytecie Poznańskim.