Oficjalne powołanie do życia Instytutu Zachodniego nastąpiło 27 lutego 1945, krótko po Memoriale w sprawie Instytutu Zachodniego, skierowanym przez prof. Wojciechowskiego do premiera Edwarda Osóbki-Morawskiego. Statut Instytutu zatwierdzono 6 sierpnia 1945. Pierwszym dyrektorem Instytutu Zachodniego został jego inicjator prof. Z. Wojciechowski, historyk prawa i znawca problematyki niemieckiej. Ówczesne zadania naukowe placówki to opisywanie okupacji niemieckiej, analiza procesu włączania Ziem Zachodnich, badanie dziejów relacji polsko-niemieckich. Profil ten następnie wzbogacono o zagadnienia integracji europejskiej (pionierskie badania w Polsce), współczesność obu państw niemieckich, przemiany w Europie Środkowo-Wschodniej, stosunki Wschód-Zachód.
Przełom lat 1989/1990 stworzył nowe możliwości badawcze dla Instytutu, poszerzając i pogłębiając zakres tematyczny zainteresowań; podjęto w szerokim wymiarze m.in.