Pomimo tego, że olej napędowy nie zapalił się, „Jacob Jones” zaczął tonąć. Uderzenie pozbawiło okręt prądu, nie mógł więc wysłać sygnału alarmowego przez radiostację. Ponieważ niszczyciel płynął sam, żadna inna jednostka pływająca nie znała losu okrętu.
Commander David W. Bagley, dowódca niszczyciela, rozkazał spuszczenie wszystkich tratw ratunkowych i szalup. Następnie rozkazał opuścić okręt, wiedząc, że ładunek uzbrojonych bomb głębinowych może wybuchnąć w każdej chwili. Gdy okręt zaczął tonąć, jego dziób uniósł się prawie pionowo, zanim kadłub poszedł pod wodę. W tym momencie bomby głębinowe eksplodowały, zabijając marynarzy, którzy zdążyli uciec z niszczyciela oraz ogłuszając wielu znajdujących się w wodzie.. Niszczyciel, pierwsza amerykańska jednostka tej klasy zatopiona w wyniku wrogiej akcji, zatonął w osiem minut po trafieniu torpedą, zabierając ze sobą dwóch oficerów i sześćdziesięciu czterech marynarzy.
W wodzie kilku członków załogi, szczególnie porucznik Stanton F. Kalk (oficer wachtowy w momencie trafienia), rozpoczęli wyciąganie ludzi z wody i umieszczanie ich na tratwach.