Średnia temperatura roczna wynosi 22,9 °C, najwyższa – 27,6 °C – występuje w sierpniu, a najniższa – 17,6 °C w lutym. W okresie 1966–1997 średnie roczne opady na Chichi-jima wynosiły 1268 mm, znacznie mniej niż wartości odnotowane na początku XX w. – 1609 mm (1907–1939). Archipelag nawiedza kilka tajfunów rocznie.
Flora i fauna Izolacja archipelagu spowodowała, że na wyspy dotarło niewiele gatunków z kontynentu azjatyckiego czy Japonii. Ogasawara-shotō charakteryzują się relatywnie ubogą bioróżnordonością. Występuje tu ok. 330 rodzimych gatunków roślin naczyniowych , dwa gatunki kręgowców lądowych, 15 ptaków, 800 owadów i 100 ślimaków. Na wyspach nie występowały naturalnie wielkie ssaki, żaby i ryby słodkowodne .
Z uwagi na izolację na wyspach wykształciło się wiele gatunków endemicznych. Około 40% wszystkich roślin, w tym 70% drzew, to endemity. Endemitami są jeden rodzaj, 4 gatunki i 5 podgatunków ptaków. 30% wszystkich gatunków owadów i ponad 90% gatunków ślimaków to gatunki endemiczne.
Z uwagi na wielość gatunków endemicznych i ich szczególne przystosowanie do warunków na archipelagu, wyspy określane są jako „Galapagos Orientu”.