Flora thumb|Pandanus boninensis – endemiczny gatunek Na wyspach można wyróżnić dwie zasadnicze zbiorowości leśne: Subtropikalny las deszczowy – dominują tu rośliny z rodzaju Elaeocarpus i Ardisia, które zajmują wilgotne nizinne obszary z glebami o znacznej miąższości. Lasy te stanowią zwarty kompleks z drzewami urastającymi do 20 m (gatunki tak jak: Elaeocarpus photiniaefolius, Ardisia sieboldii, Pisonia umbellata, Pouteria obovata, Melia azedarach, Hibiscus tiliaceus i Celtis boninensis). Niemniej jednak jeszcze przed II wojną światową, w wyniku gospodarczej działalności człowieka lasy tego typu zostały niemal całkowicie zniszczone ustępując miejsca rolnictwu. Po wojnie pola uprawne zostały opuszczone i zarosły drzewami iglastymi z gatunku Pinus luchuensis i wieczniezielonymi Schima mertensiana. W latach 80. XX w. wszystkie drzewa sosnowe umarły wskutek ataku nicieni. . Las zawsze zielony twardolistny – na wyżej położonych terenach, gdzie gleby mają mniejszą grubość, występują suche, zwarte lasy z drzewami z rodzaju Distylium i Raphiolepis. Osiągają one wysokość 4–8 m (gatunki takie jak: Distylium lepidotum, Rhaphiolepis umbellata, Schima mertensiana, Livistona chinensis, Syzygium buxifolium i Pandanus boninensis).