Na obszarach bardziej zamglonych i zachmurzonych, z dobrze wykształconymi glebami, występują przede wszystkim rośliny z rodzaju Distylium i Schima oraz większość rzadkich, miejscowych gatunków, takich jak Pandanus boninensis, Syzygium buxifolium. Natomiast tam, gdzie podłoże jest zbliżone do skalistego, a zachmurzenie na ogół niewielkie, dominują drzewa z rodzajów Raphiolepsis i Liwistona oraz z rodzajów Ardisia i Ochrosia.
Fauna thumb|Boninka Apalopteron familiare Na wyspach występuje jeden rodzimy gatunek ssaków – nietoperz z rodzaju rudawek – rudawka bonińska (Pteropus pselaphon). Jest zaliczany do gatunków krytycznie zagrożonych. W wodach archipelagu zaobserwano 23 gatunki waleni; m.in. gatunki zagrożone takie jak płetwal czerniakowy, płetwal błękitny czy waleń japoński, i gatunki narażone takie jak płetwal zwyczajny.
Fauna wysp zdominowana jest przez ptaki – zaobserwowano tu 195 gatunków, z czego 14 wpisanych do czerwonej księgi gatunków zagrożonych. Na wyspach gniazdują 22 gatunki rodzimych ptaków lądowych, m.in. boninka Apalopteron familiare – endemiczny gatunek z rodziny szlarników czy endemiczny podgatunek gołębia czarnego gołąb purpurowy Columba janthina nitens. Gniazduje również 16 gatunków ptaków morskich, m.in.