W końcu 1918 r. współorganizował w randze porucznika tzw. kompanię krośnieńską, utworzoną w celu odsieczy oblężonego Lwowa. Franciszek Szafran był w niej dowódcą aż do czasu objęcia w niej kierownictwa przez porucznika Stanisława Maczka, późniejszego generała. Od 7 grudnia 1918 r. służył w 3 batalionie strzelców Sanockich. Na przełomie 1918/1919 roku podczas wojny polsko-ukraińskiej uczestniczył w walkach z Ukraińcami pod Ustrzykami i Chyrowem, gdzie 19 lutego 1919 r. został ciężko ranny - miał przestrzelone płuco. Po opuszczeniu szpitala trafił do batalionu zapasowego 2 pułku strzelców Podhalańskich, potem do batalionu wartowniczego w Nowym Sączu i do Dowództwa Okręgu Generalnego w Krakowie, gdzie kierował m.in. Ekspozyturą O. I. w Rzeszowie oraz służył w Oddziale Prawnym, Wydziale I i Va Sztabu. 1 kwietnia 1920 r. został awansowany do stopnia kapitana w Korpusie Oficerów Piechoty ze starszeństwem z dniem 1 czerwca 1919 oraz otrzymał lokatę 348. Rok później, 24 marca 1921 r., został zwolniony ze służby wojskowej ze względu na odniesione wcześniej rany i brak zdolności do służby „frontowej”. Pozostał oficerem rezerwy z przydziałem początkowo do 2 pułku strzelców Podhalańskich w Sanoku, a od marca 1925 r. do 73. pułku piechoty w Katowicach.