W 1934 jako kapitan rezerwy piechoty był przydzielony do Oficerskiej Kadry Okręgowej nr I jako oficer przewidziany do użycia w czasie wojny i pozostawał wówczas w ewidencji Powiatowej Komendy Uzupełnień Warszawa Miasto III.
Już jako cywil Franciszek Szafran służył w administracji odradzającego się państwa polskiego. Pracował m.in. Tymczasowym Wydziale Samorządowym, który powstał w miejsce zniesionego Wydziału Krajowego, a potem od 1923 r. jako radca w Śląskim Urzędzie Wojewódzkim w Katowicach. W 1925 r. został prezesem Okręgowego Urzędu Ziemskiego w Katowicach, następnie wiceprezesem Głównej Komisji Ziemskiej przy Głównym Urzędzie Ziemskim. Na tym stanowisku, za namową Witolda Staniewicza, ministra reform rolnych, przygotowuje i publikuje w 1930 r. pracę: Działalność władz ziemskich a hipoteka i kataster, gdzie zabiera głos w dyskusji nad koniecznością ujednolicenia i uregulowania stosunków prawno-własnościowych gruntów. Opowiadał się m.in. za zaprowadzeniem jednolitego dla całego państwa katastru i systemu hipotecznego. Reformę rolną wiązał z jednoczesną regulacją prawną, gdzie stosunek osoby właściciela do gruntu nie budziłby żadnych wątpliwości. Postulował reformę przepisów dotyczących postępowania przed władzami ziemskimi w sporach o własność - zwłaszcza w środkach dowodowych.