Podczas mistrzostw świata w lotach w Oberstdorfie Funaki zdobył złoty medal, wyprzedzając drugiego w konkursie Hannawalda oraz trzeciego Dietera Thomę.
Na igrzyskach olimpijskich w Nagano w konkursie indywidualnym na normalnej skoczni zajmował czwarte miejsce po pierwszej serii skoków z odległością 87,5 m. W drugiej kolejce osiągnął 90,5 m co było drugim rezultatem tej serii, dzięki czemu awansował na drugie miejsce. Lepszy okazał się tylko Jani Soininen, do którego Japończyk stracił 1 punkt. Trzecie miejsce zajął Andreas Widhölzl. Podczas pierwszej serii konkursu indywidualnego na dużej skoczni Funaki osiągnął 126 m, co dało mu czwarte miejsce, ze stratą 0,8 punktu do trzeciego Soininena. Drugi skok na 132,5 m został przez wszystkich sędziów oceniony na maksymalną liczbę 20 punktów. Dzięki temu Funaki zdobył złoty medal wyprzedzając drugiego w konkursie Soininena (o ponad 10 punktów) i Haradę (o 14 punktów). W konkursie drużynowym wraz z Saitō, Okabe i Haradą wywalczył swój drugi złoty medal olimpijski. Na zakończenie sezonu zdobył Puchar KOP.