Gdy zorientował się, że dowódcą flotylli będzie jego opiekun komodor David Porter, poprosił go o przeniesienie na „Greyhounda”, jedną z mniejszych jednostek, którą dowodził John Porter, brat Davida. W ciągu następnych sześciu miesięcy flotylla ścigała piratów likwidując kolejno ich kryjówki na różnych wyspach Indii Zachodnich. Podczas tej kampanii służył również na pokładzie okrętu „Experiment”.
W roku 1853, po ponad czterdziestu latach w US Navy, komandor podporucznik David Farragut został wytypowany przez sekretarza marynarki do utworzenia stoczni marynarki wojennej w okolicach San Francisco. Jako miejsce budowy stoczni wybrano obszerną zatokę San Pablo. W sierpniu 1854 roku Farragut, który w tym czasie pełnił obowiązki zastępcy Inspektora Uzbrojenia w bazie w Norfolk, został wezwany do Waszyngtonu. Prezydent Franklin Pierce pogratulował Farragutowi jego dotychczasowej służby i zapytał, czy podejmie się nowego zadania. Farragut odpowiedział twierdząco i 16 września tegoż roku dokonał otwarcia Mare Island Navy Yard w Vallejo. Mare Island była do roku 1996 największą bazą naprawczą Zachodniego Wybrzeża, a pracę podjęła 16 lipca 1858 roku.