Wojna secesyjna thumb|Adm. David G. Farragut w roku 1863 Choć przez kilkanaście ostatnich przedwojennych lat mieszkał w Wirginii, Farragut nie taił swych poglądów, mówiąc wszystkim wokół, że secesję uważa za zdradę. Niedługo przed wybuchem wojny zabrał swą wirginijską żonę i przeprowadził się do miasteczka Hastings-on-Hudson pod Nowym Jorkiem. Zaoferował swą służbę Unii, ale kierownictwo marynarki − ze względu na jego i jego żony miejsce urodzenia − nie ufało mu, oferując podrzędne stanowisko na tyłach. Jednak ujął się za nim jego przyrodni brat, komandor porucznik David Dixon Porter, dzięki któremu otrzymał zadanie specjalne, jakim miało być zajęcie od strony morza Nowego Orleanu, miasta, w którym spędził dzieciństwo.

3 lutego 1862 roku Farragut na podstawie poufnej instrukcji objął dowództwo Eskadry Zatokowej i wyruszył z Hampton Roads na południe, na pokładzie swego flagowego okrętu, uzbrojonego w 25 dział śrubowego parowca USS „Hartford”. Znaczący jest fakt, że dowództwo silnej eskadry, składającej się z siedemnastu pełnomorskich okrętów (12 kanonierek i pięć korwet parowych) powierzono oficerowi znajdującemu się dopiero na 37. miejscu na liście starszeństwa. Z okrętami Farraguta działała flotylla Portera (dwadzieścia małych szkunerów uzbrojonych w ciężkie moździerze do ostrzeliwania umocnień nadbrzeżnych).