W Estonii zbory funkcjonowały w miejscowościach: Aravete, Otepää, Tallinn, Tartu i Võru.
Operacja Północ
1 kwietnia 1951 roku w ramach Operacji Północ aresztowania objęły wszystkich Świadków Jehowy. W 19 miejscowościach aresztowano 382 głosicieli oraz członków ich rodzin (w tym 21 w Tallinie) i zesłano do łagrów na Syberii, głównie w rejon Tomska. Mienie aresztowanych zostało skonfiskowane. W trakcie podróży pociągiem na Syberię w trudnych warunkach zmarło co najmniej jedno dziecko i jedna starsza osoba. Do łagrów różnymi sposobami docierała literatura biblijna, którą najczęściej ręcznie powielano i ukrywano. Urządzano też potajemne zebrania. Niektórzy współwięźniowie z czasem zostali Świadkami Jehowy.
Niewielka grupka głosicieli uniknęła deportacji i działała w konspiracji. Na wolności pozostała też Fanny Hietala, fińska pionierka, która w 1930 roku przeniosła się do Estonii i nie opuściła kraju. W latach 50. działała ona jako kurierka, przewożąc mikrofilmy i korespondencję z Finlandii do Estonii. Estońskiej służbie bezpieczeństwa nigdy nie udało się przechwycić przesyłek z mikrofilmami.