U pozostałych 10% osób nadciśnienie tętnicze ma charakter wtórny, ale być może ten odsetek jest faktycznie większy. Do najczęstszych przyczyn nadciśnienia wtórnego należą przewlekłe choroby nerek (5% wszystkich HA), do innych zalicza się zwężenie naczyń nerkowych (< 1%), zespół Cushinga, guz chromochłonny, zespół Conna (wszystkie po < 0,2%) American Association of Clinical Endocrinologists (AACE) przedstawiło w swoich wytycznych z 2006 roku pogląd, że sam tylko zespół Conna (hiperaldosteronizm pierwotny) odpowiada za 15% wszystkich przypadków nadciśnienia.
Nadciśnienie pierwotne Według hipotezy Folkowa, to predyspozycje genetyczne do adaptacji tętnic na częste pobudzenia współczulne odpowiadają za nadciśnienie pierwotne. Przebudowa ścian tętnic oporowych prowadzi do wzrostu obwodowego oporu naczyniowego (TPR) i zmusza serce do większej pracy. Teoria Guytona wyjaśnia nadciśnienie genetycznym defektem nerek, które zatrzymują więcej sodu, co skutkuje zwiększeniem ilości krwi krążącej.