Rok 1550 był czasem kiedy José Anchieta próbował rozeznać swoje powołanie. Na procesji 8 grudnia 1550 roku wszedł do katedry i dokonał aktu zawierzenia Matce Bożej. Pod koniec tego samego roku przerwał studia (kontynuował je po wyjeździe do Brazylii). Oficjalnego aktu oddania się Bogu dokonał 1 maja 1551 roku w tej samej katedrze oraz złożył śluby wstąpienia do nowicjatu Towarzystwa Jezusowego. W czasie trwania nowicjatu, José wyróżniał się pobożnością i skłonnością do ascezy. Pragnął wyjechać na misję ale miał kłopoty zdrowotne. Były one konsekwencją poważnego wypadku, podczas którego spadła mu na plecy drabina, pozostawiając blizny na całe życie. José chorował na gruźlicę kręgosłupa. Była ona przyczyną deformacji ciała, poważnego skrzywienia kręgosłupa i zaniku mięśni. Chorował również na popularną wówczas gruźlicę płuc. Stan zdrowia pogarszał się stopniowo, powodował ciągle pochylenie i ból. Sam milczał na temat własnego zdrowia, a jego zachowanie zdawało się zaprzeczać problemom zdrowotnym czego przykładem może być piesza ucieczka przed plemieniem kanibali, niosąc równocześnie na plecach chorego o. Nobrega.