Działalność misjonarska thumb|200px|Pomnik Józef Anchieta, w mieście San Cristóbal de La Laguna na Teneryfie. Z powodu słabego zdrowia został wysłany do Brazylii, gdzie przez 44 lata był misjonarzem. José Anchieta wyruszył do Brazylii najprawdopodobniej 8 maja 1553 roku. Posługę rozpoczął już na statku. Odprawiał na statku tzw. Suche Msze (odpowiednik Liturgii Słowa), gotował jedzenie, sporządzał lekarstwa, asystował jako tłumacz, nauczał. 13 lipca 1553 roku statek dobił do brzegu Bahii, w której Anchieta przebywał przez następne trzy miesiące. Miał w niej możliwość zapoznania się z miejscowym językiem Tupi. Miejscem docelowym podróży Anchiety był dom jezuitów w prowincji São Vicente. Podczas podróży statek wpadł w ogromna burzę i rozbił się w okolicy Abrolhos. Napotkani na plaży Indianie dali rozbitkom pożywienie, misjonarze ochrzcili w tym miejscu umierającą małą Indiankę, dając jej na imię Cecylia. Po naprawie statku, wyruszyli w dalszą podróż, docierając do São Vicente 24 grudnia 1553 roku. Anchieta pracował tam jako nauczyciel oraz sam się kształcił. Pomagał jako tłumacz i posługiwał do ośmiu i więcej Mszy Św. dziennie. Postawa klęcząca znacznie powiększała deformacje kręgosłupa.