Po 1795 funkcjonowanie rady miejskiej zostało ograniczone. W 1802 powołany został tzw. „wydział miejski”, pochodzący z wyboru. W okresie, gdy Kraków znajdował się w granicach Księstwa Warszawskiego funkcjonowała „rada municypalna”, złożona z członków mianowanych przez króla spośród przedstawionych mu przez zgromadzenia gminne kandydatów. Po Kongresie Wiedeńskim i powstaniu Wolnego Miasta Kraków funkcje rady miejskiej przejęły organy Wolnego Miasta (głównie Senat Rządzący). Po wcieleniu Wolnego Miasta do monarchii Habsburgów w 1846 ponownie utworzono radę miejską (1848, pochodząca z wyboru, pełniąca funkcje uchwałodawcze i wykonawcze). W 1853 rada jako organ samorządu została jednak rozwiązana, a w jej miejsce powołano wydział miejski, którego członkowie pochodzili z nominacji.