W latach 1990–2000 był obok Ewy Wipszyckiej redaktorem magazynu historycznego „Mówią wieki”. W latach 2000–2006 wykładał jako profesor w Collegium Civitas (w 2006 był prorektorem ds. akademickich), następnie do 2009 pracował na stanowisku profesora nadzwyczajnego i kierownika Zakładu Systemów Komunistycznych i Zimnej Wojny w Instytucie Stosunków Międzynarodowych na Wydziale Nauk Historycznych UMK w Toruniu. W 2009 został profesorem w Instytucie Dziennikarstwa na Wydziale Dziennikarstwa i Nauk Politycznych Uniwersytetu Warszawskiego. Współtworzył Instytut Pamięci Narodowej, od sierpnia 2000 do stycznia 2006 był dyrektorem Biura Edukacji Publicznej IPN. W latach 2003–2007 przewodniczył zespołowi historyków zajmujących się wyjaśnianiem wydarzeń bydgoskich z 3 i 4 września 1939. W 2007 z rekomendacji posłów Platformy Obywatelskiej był kandydatem do Kolegium IPN, nie został wybrany na tę funkcję. Wraz z Marcinem Kulą, Andrzejem Paczkowskim, Tomaszem Szarotą i Marcinem Zarembą wszedł w skład komitetu redakcyjnego serii książkowej „W krainie PRL” Wydawnictwa Trio.