Johnston poznał przyszłą żonę podczas swej podróży do placówki handlowej znajdującej się nad Jeziorem Górnym w pobliżu La Pointe w stanie Wisconsin. Od swojej żony nauczył się języka Odżibwejów. Ona sama została jego asystentką i funkcję tę pełniła do końca życia, do 1841 roku. To głównie dzięki niej Schoolcraft zainteresował się badaniami nad życiem rdzennych Amerykanów i ich kulturą. Z pomocą żony, która była również jego tłumaczką napisał ponad 20 książek i setki artykułów na temat Indian.
W grudniu 1826 roku Schoolcraftowie założyli stowarzyszenie czytelnicze mające na celu rozpropagowanie i wzbudzenie zainteresowania literaturą na terenach zachodnich rubieży. Wspólnie założyli magazyn The Literary Voyager or Muzzeniegun dostępny od Detroit po Nowy Jork i Sault St. Marie. Czasopismo propagowało historię plemienia Odżibwejów, opisywało jego legendy i obyczaje, uczyło języka oraz podawało informacje na temat innych plemion indiańskich. Jane Johnston również publikowała na łamach magazynu, używając pseudonimów literackich Rosa i Leelinau.
Odkrycie źródła Missisipi