Ostatecznie, oprócz Pawła VI i Atenagorasa I, obecny był w Jerozolimie prawosławny patriarcha Jerozolimy Benedykt (Benediktos), który pełnił rolę gospodarza. W spotkaniu uczestniczył także Kalinik, metropolita eparchii w Grecji, ale była to jego indywidualna decyzja.
W ślad za publicznym apelem Pawła VI o spotkanie zwierzchników różnych Kościołów i wyznań chrześcijańskich w Jerozolimie, 10 grudnia 1963 do siedziby patriarchatu w Stambule udał się podsekretarz Sekretariatu ds. Jedności Chrześcijan ks. Pierre Duprey, by oficjalnie poinformować patriarchę Atenagorasa I jako duchowego zwierzchnika światowego prawosławia o propozycji papieża. 28 grudnia tego roku patriarcha wysłał do Watykanu delegację w celu ustalenia ostatecznych szczegółów.
Kontekst polityczny W 1963 Stolica Apostolska nie utrzymywała stosunków dyplomatycznych z Izraelem, co powodowało dodatkowe utrudnienia polityczne i logistyczne, bowiem Jerozolima była podzielona między Izrael a Jordanię, a samo Stare Miasto z bazyliką Grobu Świętego, Drogą Krzyżową i Wieczernikiem leżało po stronie jordańskiej.