Przebieg wizyty Pierwszy dzień: Jordania – Jerozolima 4 stycznia 1964 rano samolot włoskich linii lotniczych Alitalia z Pawłem VI i towarzyszącymi mu 64 osobami na pokładzie odleciał z rzymskiego lotniska Fiumicino. Zgodnie z planem wylądował w stolicy Jordanii – Ammanie. Papieża przywitał król Husajn. Paweł VI ruszył białą limuzyną w kierunku Jerozolimy, a król Husajn towarzyszył mu w tej podróży helikopterem. Po drodze papież zatrzymał się nad Jordanem.
Na teren jerozolimskiego Starego Miasta Paweł VI wszedł przez Bramę Damasceńską, przeszedł część trasy Drogi Krzyżowej, zatrzymując się i całując ziemię we wskazywanych przez tradycję miejscach trzech upadków Jezusa. Pieszej trasie papieża przez wąskie zaułki Starego Miasta towarzyszyły tłumy, a zapewnienie przez służby zasad bezpieczeństwa okazało się niemożliwe. W bazylice Grobu Świętego – do której przez napierający tłum nie zdołały się przedostać osoby towarzyszące papieżowi – Paweł VI odprawił Mszę św. i odmówił modlitwę. Relacje przekazywały, że po odczytaniu Ewangelii, podczas prefacji i podniesienia papieżowi ze wzruszenia łamał się głos. Rezydencją papieża podczas tej pielgrzymki była zlokalizowana na Górze Oliwnej delegatura apostolska. Tam też przyjął kilkoro gości, wśród nich prawosławnego patriarchę Jerozolimy Benedykta.