Wieczorem Paweł VI odwiedził jeszcze kościół Wszystkich Narodów, gdzie odprawił nabożeństwo upamiętniające cierpienie Jezusa w ogrodzie Oliwnym. Podczas liturgii w sześciu językach odczytane zostały fragmenty z Ewangelii mówiące o męce Chrystusa w Ogrójcu – po łacinie, po grecku, arabsku, koptyjsku, rosyjsku oraz w języku ormiańskim. thumb|Papież Paweł VI na Górze Tabor (1964).

Drugi dzień: Izrael – Jerozolima, Nazaret, Kafarnaum, Kana Galilejska, góra Tabor, Syjon i spotkanie z Atenagorasem I W niedzielę 5 stycznia papież przekroczył pieszo granicę między Jordanią a Izraelem przez Bramę Taana w pobliżu historycznego Megiddo. Przejście to otwarto specjalnie na czas wizyty papieża (wcześniej władze usunęły zapory z drutu kolczastego, by umożliwić przejście), bowiem w tym czasie ruch pomiędzy Jordanią i Izraelem był możliwy tylko przez bramę Mandelbauma (Sza'ar Mandelbaum) w Jerozolimie. Papieża powitał prezydent Zalman Szazar oraz premier rządu izraelskiego Lewi Eszkol, a także członkowie rządu i korpus dyplomatyczny.