Podczas obrony Westerplatte we wrześniu 1939 roku, był adiutantem majora Henryka Sucharskiego oraz oficerem technicznym. Po kapitulacji Westerplatte trafił do niewoli niemieckiej, początkowo przebywał w obozie przejściowym w Riesenburgu, a następnie w Oflag XVIII A Lienz. Od maja 1940 roku więziony w Oflagu II C Woldenberg. 30 stycznia 1945 roku został uwolniony przez Armię Czerwoną w Dietz.
Powrócił do Polski i do października 1945 roku pracował jako kierownik ruchu urządzeń przeładunkowych porcie morskim Gdańsk. W latach 1945–1950 był zatrudniony w Centrali Zbytu Produktów Przemysłu Węglowego Gdańsk-Gdynia jako starszy inżynier ruchu, kierownik techniczny portu węglowego, a następnie jego główny inżynier. Od stycznia 1950 do kwietnia 1954 roku był naczelnym inżynierem ruchu w Zarządzie Portu Gdańsk-Gdynia. W kwietniu 1954 roku został przeniesiony do Warszawy na stanowisko głównego mechanika w Ministerstwie Żeglugi-Centralnym Zarządzie Portów.
Był członkiem Stronnictwa Demokratycznego, Związku Obrońców Westerplatte i ZBoWiD-u. Zmarł 16 sierpnia 1968. Został pochowany na warszawskim Cmentarzu Wojskowym na Powązkach (kwatera B18, rząd 1, grób 8).
Stefan Ludwik Grodecki był żonaty z Joanną z domu Kramarz, z którą miał dwoje dzieci: Jana (ur. 1946) i Barbarę (ur.