28 sierpnia 2009 sojusz ogłosił Mariana Lupu swoim kandydatem w wyborach na prezydenta Mołdawii. 8 października 2009 został pierwszym oficjalnym kandydatem do urzędu prezydenta, zgłoszonym przez 26 deputowanych Sojuszu na rzecz Integracji Europejskiej. Pozostał jedynym kandydatem w I turze wyborów w dniu 10 listopada 2009. Poparło go wówczas 53 deputowanych koalicji rządzącej. Do wyboru zabrakło mu 8 głosów – 48 deputowanych komunistycznych zbojkotowało głosowanie. W II turze wyborów z 7 grudnia 2009, podobnie jak w poprzedniej, zdobył 53 głosy i nie uzyskał elekcji na urząd prezydencki.
Po wyborach parlamentarnych z listopadzie 2010 Marian Lupu 30 grudnia tegoż roku został wybrany na stanowisko przewodniczącego Parlamentu Republiki Mołdawii głosami koalicji Demokratycznej Partii Mołdawii, Partii Liberalno-Demokratycznej oraz Partii Liberalnej. Jako przewodniczący przejął również obowiązki prezydenta od premiera Vlada Filata. Wykonywał je do 23 marca 2012, kiedy to urząd prezydenta objął Nicolae Timofti.