to z ich posagu sfinansowano odbudowę. Konsekracja odbudowanego kościoła została dokonana w 1703 roku podczas III wojny północnej.
Obecny kształt świątyni to wynik odbudowy po wielkim pożarze Wilna w 1737 roku. Projekt odbudowy przygotował Jan Krzysztof Glaubitz, dzięki któremu w latach 1741–73 dodano dwie wieże, a na końcu nawy głównej dodano wysoki rokokowy szczyt, dzięki temu bryła świątyni otrzymała monumentalny wygląd. Wnętrze ozdobiło sześć barokowych ołtarzy. W 1812 przebywające w Wilnie wojska napoleońskie zamieniły klasztor w szpital, a kościół w skład apteczny. Po powstaniu styczniowym klasztor nie został zamknięty, natomiast rosyjskie władze zaborcze odebrały mu majątek w 1842 roku, a w 1864 roku zakazały prowadzenia nowicjatu, co skazywało konwent na wymarcie. Zakaz ten zniesiono po ukazie tolerancyjnym w 1905 i zgromadzenie zostało zasilone przez zakonnice ze Staniątek pod Krakowem. Od 1918 do wybuchu II wojny światowej siostry prowadziły gimnazjum żeńskie pw. św. Scholastyki. Po wkroczeniu do Wilna wojsk hitlerowskich siostry zaangażowały się w działalność konspiracyjną, wyszyły sztandar dla dywizjonów, w których służyli polscy piloci w Wielkiej Brytanii, a od grudnia 1941 odprawiały zakonspirowane msze święte.