W 1942 zostały aresztowane i uwięzione na Łukiszkach, w 1944 władze sowieckie rozwiązały zgromadzenie, a świątynię zamieniono na magazyn nawozów sztucznych i chemikaliów. Remont kościoła rozpoczęto w 1994 roku. Obecnie nawa główna jest przystosowana do działalności koncertowej.
Architektura Wnętrze Wnętrze kościoła jest pokryte stiukami, znajduje się tu szereg posągów (wiele nowych). Jest w nim sześć ołtarzy z lat 1752-1753. Ołtarz główny zdobią rzeźby autorstwa Józefa Woszczyńskiego oraz obraz Zaślubiny św. Katarzyny z Dzieciątkiem. Wnętrze kościoła dawniej ozdabiała kolekcja 15 obrazów nabytych przez siostry benedyktynki, pędzla Szymona Czechowicza (1689-1775). Kaplica Opatrzności Bożej projektu Jana Krzysztofa Glaubitza pełniła rolę mauzoleum rodu Wołłowiczów. Umieszczono w niej w 1769 roku nagrobek Jerzego Wołłowicza i jego żony Elżbiety oraz obraz Ukrzyżowanie Zbawiciela z 1759 roku także autorstwa Czechowicza.
Zewnątrz Kościół posiada jedną nawę z wysoką absydą i dwiema wieżami po obu stronach fasady. Do kościoła przylega Kaplica Opatrzności Bożej, będąca arcydziełem architektury barokowej. Z zewnątrz ma kształt sześciokąta, wewnątrz zaś półkola.