W 1990 otrzymała tytuł profesora nadzwyczajnego, a w 1994 – zwyczajnego. Została członkinią założonego w 1995 Collegium Invisibile oraz felietonistką m.in. „Gazety Wyborczej” i „Polityki”. W listopadzie 1996 została odznaczona Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski. W 1997 autorka raportu o stanie wojennym dla Sejmowej Komisji Odpowiedzialności Konstytucyjnej. W 1999 doznała udaru mózgu, który przerwał jej działalność naukową.

Została pochowana na cmentarzu komunalnym Północnym w Warszawie.

Do wypromowanych przez Krystynę Kersten doktorów należą Jan Żaryn i Dariusz Libionka, a do jej uczniów – Natalia Aleksiun, Wojciech Górecki, Paweł Kowal, Piotr Osęka, Krzysztof Persak, Jan Wendt, Rafał Wnuk i Marcin Zaremba.

Życie prywatne Była córką Edmunda, prawnika i ofiary zbrodni katyńskiej oraz Jadwigi z Hryniewieckich.