Na stanowisku ministra i premiera kraju W styczniu 1919 wszedł w skład koalicyjnego gabinetu rządowego Teodora Teodorowa, obejmując urząd ministra budynków publicznych, dróg i zagospodarowania. Jako członek rządu wziął udział w negocjacjach z państwami Ententy na temat warunków pokojowych. Po rezygnacji premiera, który odmówił zaakceptowania wyjątkowo ciężkich dla Bułgarii postanowień traktatu z Neuilly-sur-Seine, Stambolijski stanął na czele gabinetu i podpisał dokument.
W wyborach do Zwyczajnego Zgromadzenia Narodowego 19. kadencji (kwiecień 1920) ludowcy zdobyli większość mandatów deputowanych. Zwycięstwo to pozwoliło Stambolijskiemu na rekonstrukcję rządu i obsadę wszystkich stanowisk ministerialnych działaczami BLZCh. Sam lider partii pełnił funkcję premiera oraz ministra wojny (do 1921), a potem spraw zagranicznych i wyznań wiary (1921–1923). Pierwszym zadaniem, z jakim musiał uporać się nowy rząd, było wyprowadzenie Carstwa Bułgarii z powojennej izolacji na arenie międzynarodowej. W tym celu Stambolijski rozwinął aktywną działalność dyplomatyczną, m.in. poprzez przyłączenie kraju do Ligi Narodów (grudzień 1920) i nawiązanie przyjaznych stosunków z Jugosławią.