Rośliny z populacji przy północnej granicy zasięgu zawiązują liczniej owoce tylko w przypadku długiego i ciepłego lata (znaczące są temperatury w sierpniu i wrześniu). W przypadku nieodpowiednich warunków (mniejsze nasłonecznienie) tylko nieliczne owoce zawierają pełne nasiona. Dodatkowo w przypadku pogody deszczowej w okresie letnim często pędy są porażane przez gronkowca szarego Botrytis cinerea i w owocach rozwijają się jego sklerocja, co skutkuje obumieraniem zarodków.
Genetyka Liczba chromosomów 2n=34. Masa genomu wynosi średnio 2,62 pg. W wynikach wizualizacji DNA z wykorzystaniem DAPI u tego gatunku zarejestrowano dużą zmienność rezultatów, co tłumaczone jest częstym występowaniem chromosomów nadliczbowych (chromosomów B) – rzecz wyjątkowa wśród europejskich przedstawicieli rodzaju ostrożeń Cirsium.
Ekologia thumb|Murawa z licznymi rozetami ostrożnia krótkołodygowego Siedlisko Ostrożeń krótkołodygowy rośnie na suchych łąkach i pastwiskach oraz na obrzeżach lasów. Występuje na przepuszczalnych glebach bogatych w węglan wapnia, często na rędzinach, także na bardzo płytkich glebach powstających na skałach wapiennych, ale też na glebach powstających z glin i na piaskach zasobnych w węglan wapnia (w tym na nadmorskich wydmach w Belgii i Francji).