Dochody Podstawą dochodów komandorii, nie tylko kłodzkich joannitów, były darowane przez donatorów i zakupione przez zakonników dobra ziemskie, obarczone dziesięciną wsie, renty i czynsze miejskie oraz częściowo dochody z kościoła parafialnego. Poszczególne placówki joannitów dysponowały też różnymi przywilejami książęcymi zapewniającymi dochody: prawo do połowu ryb, dochody z młynów, a nawet z karczmy.
Konflikty międzyzakonne W Kłodzku, w którym joannici dysponowali prawem patronatu nad kościołem farnym, tylko oni mieli prawo do grzebania zmarłych parafian. Ze względu na korzyści wynikające z owego przywileju próby przełamania monopolu joannitów podjęli, niedługo po swoim przybyciu do Kłodzka, franciszkanie. Do ostrego starcia doszło w 1274 r., kiedy to wspierający joannitów, kłodzcy mieszczanie wtargnęli do klasztoru minorytów, zabijając przy tym jednego z nielubianych w mieście zakonników. Dla rozstrzygnięcia kolejnego sporu konieczną stała się interwencja u samego papieża. W 1319 r. Jan XXII nakazał kłodzkim franciszkanom przestrzeganie prawa joannitów do pochówków parafian. Nie zakończyło to miejscowej „monachomachii”, bowiem w 1351 r. należne joannitom prawo sepultury starali się tym razem przełamać augustianie, a w 1409 r.