Collegium Medicum powstało decyzją Konwentu Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego zwołanego 19 kwietnia 2017. Nowa jednostka organizacyjna powstała na bazie dotychczasowego Wydziału Nauk Medycznych. Jednocześnie wyodrębniono w nim dwie jednostki: Wydział Lekarski oraz Wydział Nauk o Zdrowiu. Pierwsza inauguracja roku akademickiego w Collegium Medicum odbyła się 3 października 2017. Pierwszym dziekanem Wydziału Lekarskiego został prof. Andrzej Rynkiewicz, a Wydziału Nauk o Zdrowiu prof. Anna Doboszyńska.
Wydział Lekarski Wydział Lekarski został utworzony na mocy zarządzenia nr 47/2017 Rektora Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie z dnia 26 maja 2017 roku w sprawie podziału Wydziału Nauk Medycznych i utworzenia dwóch podstawowych jednostek organizacyjnych Uczelni o nazwach: Wydział Lekarski i Wydział Nauk o Zdrowiu.
Uchwałą Nr 157 Senatu Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie z dnia 26 maja 2017 roku przyporządkowano do Wydziału Lekarskiego kierunek lekarski, a uchwałą Nr 159 również z dnia 26 maja 2017 roku przyznano zachowanie uprawnień do nadawania stopnia doktora lub doktora habilitowanego na Wydziale Lekarskim.