Przez 35 lat administratorem dóbr kościelnych był proboszcz brzozowski, który tylko raz w miesiącu odprawiał tu mszę świętą. Biskup przemyski Antoni Gołaszewski zwrócił się w dniu 20 stycznia 1821 r. poprzez suplikę do cesarza Franciszka II z prośbą o ofiarowanie dóbr popaulińskich jezuitom, którzy przybyli z Białorusi. Cesarz wyraził zgodę i pierwsi jezuici przybyli do Brzozowa 28 października 1821 r. Przekazanie klasztoru nastąpiło dwa miesiące później.
Jezuici przekształcili klasztor w swoje kolegium i otworzyli w nim w 1822 roku nowicjat. W 27 lat później po zdławieniu Wiosny Ludów jezuitom zarzucono wspieranie ruchów wyzwoleńczych. Cesarz Ferdynand I podpisał 7 maja 1848 roku dekret banicyjny zmuszający zakonników do opuszczenia granic Cesarstwa Austriackiego. Pomiędzy lipcem 1848 roku a czerwcem 1852 r. kościołem starowiejskim ponownie zarządzało probostwo z Brzozowa. Stan taki trwał do 28 czerwca 1852 roku, gdy cesarz anulował dekret banicyjny i jezuici powrócili do Starej Wsi. W dniu 9 lipca 1852 roku biskup przemyski Franciszek Ksawery Wierzchleyski uzyskał zgodę proboszcza parafii w Brzozowie, ks. Antoniego Załuskiego i erygował samodzielną parafię p.w.