W 1945 r. na bazie 34 pułku piechoty powstała tu 38. Komenda Odcinka Komańcza, działająca w strukturze 9 Oddziału Ochrony Pogranicza. W latach 1945–1946 nacjonaliści ukraińscy z OUN-UPA zamordowali w Komańczy 11 Polaków, w tym dwie nauczycielki: Ludwikę Drozd i Marię Kułak. Spalili także urząd gminy i strażnicę WOP. Napady ustały dopiero po zakończeniu operacji wojskowej "Wisła" w 1947 r. Od tej pory wieś zamieszkują niemal wyłącznie Polacy, a Łemkowie/Ukraińcy stanowią zaledwie kilka procent jej mieszkańców.
Od 29 października 1955 r. do 28 października 1956 r. Komańcza była miejscem internowania prymasa Polski kardynała Stefana Wyszyńskiego. Poświęcona mu izba pamięci mieści się w klasztorze sióstr Nazaretanek.
Toponimia locandi de novo villiam super fluvio Komanycza dicto, que villam vocabitur Crziemyenna ... in fluvium Comancza – 1512 de Komancza – rok 1524 z Komańczej, w Komańczy – 1561 z Komańcze – 1621 wsi Komanczy – 1786 Komancza – 1794 Komanča – 1860 Komańcza – XIX wiek