Niewielka społeczność żydowska została zamordowana w trakcie wojny podczas okupacji niemieckiej, a ludność łemkowska uległa w większości wysiedleniu po wojnie.
Do 12 września 1939 na obszarze powiatu sanockiego województwa lwowskiego, wieś stanowiła garnizon macierzysty Batalionu KOP „Komańcza”. W 1939 Batalion KOP „Komańcza” w ramach 2 pułku piechoty KOP „Karpaty” toczył walki obronne. Prawie wszystkich Żydów Niemcy wywieźli do obozu zagłady w Zasławiu. Od października 1939 do sierpnia 1944 wieś była siedzibą urzędu gminy w powiecie sanockim (Landkreis Sanok). Dziś warto zwiedzić m.in. miejsce katastrofy samolotu z okresu II wojny światowej.
Okupację niemiecką Komańczy zakończyli 24 września 1944 roku żołnierze radzieccy z 107 Korpusu Strzeleckiego dowodzeni przez gen. D. Gordiejewa i 11 Korpusu Strzeleckiego dowodzeni przez gen. M. Zaporoszczenkę. Oba korpusy należały do 1 Gwardyjskiej Armii.