Komputer mógł działać również pod kontrolą Systemu 6 w jego wcześniejszych wersjach, choć Apple oficjalnie nie wspierała takich konfiguracji.
PowerBooka 100 wyposażono w jeden zewnętrzny port szeregowy umożliwiający podłączenie drukarki lub innego urządzenia w standardzie RS-422. Jako pierwszy Macintosh, PowerBook 100 nie został wyposażony w gniazdo modemu zewnętrznego, które zamieniono na opcjonalny wewnętrzny modem działający z prędkością 2400 bodów. Skutkiem tego, po raz pierwszy użytkownicy PowerBooków nie mogli jednocześnie drukować i korzystać z sieci AppleTalk lub wyższych prędkości połączeń modemowych. Niemożliwe było też używanie z PowerBookiem 100 zaawansowanych kontrolerów MIDI, gdyż wymagały one obecności obydwu wspomnianych portów. Klienci żądający obecności standardowych funkcji komputera mogli zainstalować modem wyprodukowany przez przedsiębiorstwo trzecie w dedykowanym gnieździe na płycie głównej.