Sprawozdanie z działalności Towarzystwa Kursów Naukowych Werner opublikował rozdział poświęcony Wydziałowi Matematyczno-Fizycznemu TKN (Warszawa 1917).
W 1913 wraz z Marianem Grotowskim, Marią Sadzewiczową, Stanisławem Landauem wydał pracę Z dziejów rozwoju fizyki (Warszawa 1913; wyd. 2 ukazało się pt. Dzieje rozwoju fizyki Warszawa 1931); Werner napisał rozdziały: Ruch falowy i akustyka, Kinetyczna teoria gazów i cieczy oraz Elektryczność i magnetyzm.
W 1919 należał do współzałożycieli Towarzystwa Fizycznego, przekształconego w Polskie Towarzystwo Fizyczne, od 1920 wchodził w skład Zarządu Głównego. W ramach otwartych wykładów wygłaszał liczne referaty, uczestniczył w kolejnych Zjazdach Fizyków Polskich, podczas których prezentował swe wystąpienia naukowe i dydaktyczne. Był autorem memoriału Zarządu Głównego Towarzystwa w sprawie utworzenia pracowni fizycznych w szkołach.
W związku z reformą systemu oświaty w latach trzydziestych XX w. Wacław Werner opracował programy nauczania fizyki w szkołach średnich, wchodził w skład Komisji Programowej MWRiOP.