W 1948 Rada Wydziału Chemicznego Politechniki Warszawskiej wystąpiła do Ministerstwa Oświaty o mianowanie Wernera profesorem tytularnym.
Opublikował popularny wykład: Fizyka dla wszystkich: podręcznik dla samouków, słuchaczy uniwersytetów robotniczych, uniwersytetów ludowych, kursów dla dorosłych, praca wydrukowana została w 4 tomach już po śmierci autora: tom 1: O siłach i ruchach, tom 2: Własności mechaniczne materii, tom 3: Nauka o cieple, tom 4: Elektryczność i magnetyzm (Wrocław, 1949-51), piątego tomu o promieniotwórczości nie zdążył przygotować.
W latach 40. XX w. na łamach czasopisma metodycznego dla nauczycieli Fizyka i Chemia opublikował 2 artykuły metodyczne. Zajmował się także popularyzowaniem fizyki w ramach współpracy z Polskim Radiem.
Rodzina Wacław Werner zmarł 29 marca 1948 w Brwinowie, pochowany na cmentarzu ewangelicko-reformowanym w Warszawie, przy ul. Żytniej w grobie rodziców (kwatera S-3-5) śp. Wacław Werner.