Lata II wojny światowej thumb|240px|Grób Augusta Teodora Wernera, Jadwigi Werner, Marii Werner i Wacława Wernera na cmentarzu ewangelicko-reformowanym w Warszawie Podczas okupacji hitlerowskiej Werner odmówił przyjęcia volkslisty. Prowadził w Warszawie i Brwinowie konspiracyjne komplety fizyki. Był prezesem delegatury Rady Głównej Opiekuńczej w Brwinowie, udzielał pomocy osobom poszukiwanym przez hitlerowców. W piwnicy swego domu w Brwinowie, przy ul. Słonecznej 3, ukrył preparat radowy – depozyt Towarzystwa Naukowego Warszawskiego (TNW), przekazany przez kierownika Pracowni Radiologicznej TNW prof. Ludwika Wertensteina; w 1947 Wacław Werner zwrócił preparat Towarzystwu, a w 1999 na ścianie domu w Brwinowie odsłonięto tablicę upamiętniającą ukrycie radu w czasie okupacji hitlerowskiej.
Po upadku powstania warszawskiego w jego domu znalazło schronienie wielu uchodźców ze stolicy.
Po II wojnie światowej Po wojnie kontynuował pracę na Politechnice Warszawskiej, w latach 1945-47 prowadził wykłady z ćwiczeniami z Fizyki doświadczalnej na Wydziale Chemicznym.