Działalność polityczna w III RP Od 1 lutego 1991 do 28 lutego 1992 był podsekretarzem stanu w Ministerstwie Współpracy Gospodarczej z Zagranicą. 28 lutego 1992 został mianowany ministrem finansów w rządzie Jana Olszewskiego, mając poparcie Lecha Wałęsy. 7 maja 1992 złożył dymisję, która została przyjęta przez Sejm 4 czerwca 1992, tuż przed udzieleniem całemu gabinetowi wotum nieufności. Jego nazwisko znalazło się na powstałej w tym czasie tzw. liście Macierewicza. Po wprowadzeniu oświadczeń lustracyjnych polityk (jako kandydat na prezydenta w 2000 i 2010) potwierdzał w nich, że współpracował z wywiadem gospodarczym PRL.
Po odejściu z rządu pełnił funkcję doradcy prezydenta ds. ekonomicznych. W 1993 stanął na czele – tworzonego z inicjatywy prezydenta Lecha Wałęsy – Bezpartyjnego Bloku Wspierania Reform i został kandydatem tego ugrupowania na premiera. Sam nie startował w wyborach parlamentarnych w 1993, po których BBWR znalazł się w opozycji do koalicji SLD-PSL. Andrzej Olechowski w październiku 1993 został członkiem rządu Waldemara Pawlaka jako minister spraw zagranicznych;