Miasto miało swój udział w olbrzymiej machinie, jaka zarządzała ówczesnym handlem w basenie Morza Bałtyckiego. W czasie wczesnej obecności w Hanzie Goleniów prowadził liczne konflikty ze Szczecinem, który dążył do zmonopolizowania żeglugi na Odrze. Z Goleniowem współpracował Stargard, którego statki bez przeszkód pokonywały Inę. Pierwszy większy spór między miastami został rozstrzygnięty na korzyść Goleniowa i Stargardu w 1397 roku.
Późne średniowiecze było okresem szybkiego rozwoju miasta. Bogacenie się jego mieszkańców na handlu i rzemiośle przyniosło wymierne skutki w postaci licznych budowli. Zabytki sakralne i obronne, zachowane do dziś, powstały głównie w XIV i XV wieku. Miasto zostało otoczone murami miejskimi z kamienia i cegły. W murach znajdowało się wiele baszt oraz cztery bramy: Wolińska, Młyńska, Szczecińska i Stargardzka (zachowała się tylko pierwsza). W 1386 roku miasto uzyskało przywilej bicia własnej monety zwanej białym groszem goleniowskim. W XV wieku wybudowano również Dom Żeglarza (związki z handlem wodnym) oraz kościół farny pw. św. Katarzyny. W XV w. miasto umocniło swoją pozycję. Liczne konflikty ze Stargardem i Szczecinem nie przyniosły wielkich strat. Szczególnie zażarta była rywalizacja z dzisiejszą stolicą województwa. Spór został zażegnany dopiero w 1618 roku, kiedy oba miasta zawarły układ.