W źródłach z XVIII i XIX wieku pojawiają się informacje o cudownym źródle. Nieznana jest ich lokalizacja, zdaniem historyka Waldemara Rozynkowskiego znajdowała się prawdopodobnie w okolicach kaplicy.
Przed 1820 rokiem wzniesiono nową kaplicę, w jej wyposażeniu znalazły się dzwony z kościoła św. Wawrzyńca w Toruniu. W 1829 roku stan techniczny kaplicy był oceniany jako zły, sześć lat później proboszcz parafii Najświętszej Maryi Panny prosił władze miasta o pomoc w renowacji kaplicy i cmentarza. W 1839 roku Heinrich Tilck otrzymał prawo do dzierżawienia dóbr młyńskich. Tilck zdecydował się na odbudowę podupadłej kaplicy i wskrzeszenia kultu św. Barbary w Toruniu. Po uzyskaniu od władz miasta 18 kwietnia 1842 roku pozwolenia na budowę rozpoczął budowę nowej kaplicy. Obiekt był gotowy jeszcze w tym samym roku.
2 marca 1850 roku Toruń utracił zwierzchność nad Barbarką. Miejscowość stanowiła własność prywatną znajdującą się w granicach gminy Mokre. Toruń odzyskał kontrolę nad Barbarką pod koniec XIX wieku. Barbarka została zalesiona. Na przełomie XIX i XX wieku stała się ona miejscem rekreacji i wypoczynku.