Rodzaje mikromacierzy Ze względu na budowę sond: mikromacierze oligonukleotydowe (ang. oligo array) - na płytce naniesione są krótkie, na ogół 25-70 nukleotydowe sekwencje sond; mikromacierze cDNA (ang. cDNA array) - sondy znacznie dłuższe, zazwyczaj odpowiadające pełnym sekwencjom mRNA (co w praktyce oznacza zazwyczaj kompletną sekwencje wariantu genu, lub sekwencję EST).
thumb|250px|Mikromacierze oligonukleotydowe firmy Affymetrix
Ze względu na rodzaj wykrywanych sekwencji:
mikromacierze do badania ekspresji genów najczęściej stosowane - sondy w obrębie sekwencji mRNA mikromacierze eksonowe (sondy to sekwencje eksonów) mikromacierze pokrywające genom (ang. tiling array)-do badania ekspresji obszarów pozagenowych mikromacierze do badania splicingu (ang. splicing array)- badanie ekspresji różnych form splicingowych tego samego genu mikromacierze do badania sekwencji genów (genotypowania) mikromacierze SNP – odróżnianie jednonukleotydowych polimorfizmów DNA