Dla mikromacierzy cDNA informację o względnej sile sygnału w dwóch próbkach otrzymuje się bezpośrednio z doświadczenia, gdyż z jedną mikromacierzą hybrydyzuje się dwie próbki, wyznakowane znacznikami o różnych kolorach. Dla mikromacierzy oligonukleotydowych wynik otrzymuje się w postaci bezwzględnej (każda mikromacierz mierzona osobno), ale zastrzeżenie o nieporównywaniu sygnału między sondami nadal obowiązuje.
Z mikromacierzami DNA hybrydyzuje się cDNA zsyntetyzowany na matrycy badanego RNA, cRNA uzyskany na podstawie cDNA lub DNA (dla mikromacierzy genotypujących).
Schemat przebiegu doświadczenia zebranie próbki i izolacja RNA (standardowo kilka mikrogramów, zaawansowane techniki amplifikacji pozwalają użyć RNA z zaledwie kilkuset komórek) synteza cDNA na matrycy wyizolowanego RNA synteza wyznakowanego cRNA na podstawie cDNA (lub wyznakowanie cDNA) hybrydyzacja wyznakowanego kwasu nukleinowego z mikromacierzą płukanie mikromacierzy, w celu usunięcia niesparowanych sekwencji skanowanie obrazu mikromacierzy przekształcenie obrazu w zbiór danych wartości ekspresji dla każdej sondy