Pierwsza dama 23 sierpnia 1994 objęła obowiązki pierwszej damy, po tym jak jej matka odeszła od męża, zarzucając mu korupcję i łamanie prawa. Susana Higuchi już w 1992 oskarżyła męża o defraudację japońskiej dotacji przeznaczonej na pomoc najuboższym. W późniejszym czasie zarzucała Fujimoriemu autorytaryzm, praktyki korupcyjne, a także stosowanie przemocy wobec swoich przeciwników politycznych. 3 sierpnia 1994 postanowiła ostatecznie odejść od męża. W 1997 nastąpił rozwód. Fujimori w wieku 19 lat została najmłodszą pierwszą damą w historii kraju.
Pełniąc tę funkcję kierowała działalnością organizacji charytatywnej Fundación por los Niños del Perú (Fundacja na rzecz Dzieci Peru). W marcu 1996 dodatkowo została prezesem fundacji Fundación Peruana Cardioinfantil (Peruwiańska Fundacja na rzecz Dziecięcej Kardiologii), zbierającej środki na operacje dla dzieci z chorobami serca.
W grudniu 1994 zadebiutowała jako pierwsza dama na arenie międzynarodowej, biorąc udział w I Szczycie Ameryk w Miami. W kolejnych latach wypełniała powierzone jej obowiązki, towarzysząc ojcu w podróżach zagranicznych i podejmowaniu zagranicznych przywódców państwowych i dyplomatów.