W 1998 i 1999 reprezentowała kraj na VIII i IX Konferencji Pierwszych Dam, Małżonków i Przedstawicieli Szefów Państw i Rządów Ameryk, odbywających się odpowiednio w Santiago i Ottawie. W 1998 uczestniczyła w Regionalnym Szczycie na rzecz Dzieci w Ameryce Łacińskiej i Karaibach w Cartagenie.
W lipcu 1998 poparła oficjalnie plan przeprowadzenia powszechnego referendum w sprawie trzeciej kadencji prezydenta Fujimoriego, wysunięty przez opozycję. Choć zebranych zostało ponad 1,4 mln podpisów w tej sprawie, Kongres nie zajął się nią. Pomimo iż konstytucja z 1993 dopuszczała maksymalnie dwie kadencje prezydenta, wykładnia przedstawiona przez sąd nie wliczała do tego okresu pierwszej kadencji Fujimoriego z lat 1990−1995. Keiko Fujimori zaangażowała się w kampanię wyborczą ojca, który ostatecznie uzyskał reelekcję, pokonując Alejandra Toledo.
Po wybuchu afery korupcyjnej we wrześniu 2000 oraz antyprezydenckiej rebelii wojskowej w październiku 2000, prezydent Fujimori w połowie listopada wyjechał do Japonii, skąd przesłał faksem swoją rezygnację z urzędu. Tymczasowym szefem państwa został 22 listopada 2000 przewodniczący parlamentu Valentín Paniagua, a obowiązki pierwszej damy przejęła jego małżonka, Nilda Jara de Paniagua.