Keiko Fujimori opuściła pałac prezydencki i zamieszkała w domu ciotki ojca.
Lata 2001–2005 W sierpniu 2001 udała się do Tokio, gdzie przebywał jej ojciec. Władze Japonii zezwoliły na jego pobyt z powodu posiadania przez niego również japońskiego obywatelstwa i odmówiły jego ekstradycji do Peru. W 2001 i 2002 Fujimori broniła ojca oskarżonego przez wymiar sprawiedliwości o korupcję i defraudację środków państwowych.
W 2002 wyjechała do Stanów Zjednoczonych, gdzie w 2004 ukończyła studia MBA w Columbia Business School na Columbia University. Mieszkając w Nowym Jorku poznała Marka Villanellę, Amerykanina pochodzenia włoskiego, którego poślubiła 3 lipca 2004 w Limie. W 2007 urodziła pierwszą córkę Kyarę Sofíe, a dwa lata później drugą, Kaori Marcelę.
W 2004 została oskarżona o defraudację środków zagranicznych przeznaczonych w 1998 na cele charytatywne. Zaprzeczyła zarzutom i uznała je za motywowane politycznie.