Deputowana do parlamentu Po ogłoszeniu w listopadzie 2005 przez Alberto Fujimoriego zamiaru startu w wyborach prezydenckich w kwietniu 2006 i jego aresztowaniu w Chile, gdzie chciał rozpocząć przygotowania do swojej kampanii, Keiko Fujimori powróciła do Peru w grudniu 2005 i założyła partię polityczną Sojusz dla Przyszłości (Alianza por el Futuro). Wspierała kandydaturę ojca, a po jej odrzuceniu przez sąd i ekstradycji ojca do Peru (wrzesień 2007) występowała w jego obronie.
W wyborach parlamentarnych w kwietniu 2006 uzyskała mandat deputowanej do Kongresu Republiki Peru z okręgu Lima, uzyskując największą liczbę głosów poparcia w całym kraju. Objęła go 26 lipca 2006. Jako deputowana była autorką zmian w prawie ograniczających przywileje więźniów. Popierała również zaostrzenie kar dla recydywistów i wprowadzenie kary śmierci za gwałt na nieletnich. W 2009 rozpoczęła zbieranie podpisów pod wnioskiem o rejestrację nowej partii politycznej Siła 2011 (Fuerza 2011), która została zarejestrowana w marcu 2010.